第六彈 貝克街的亡靈
ベイカー街の亡霊
主題曲：Everlasting
演唱者：B’z
監 督：こだま兼嗣
編 劇：野沢 尚
音 樂：大野克夫
公開日：2002/4/20
劇 情：
能一舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲「繭」的發表會正在舉行。結合了最先進技術的「繭」，其遊戲方式是先進入一部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過電腦的操作讓遊戲者沉睡於歷史上曾經發生過事件的時代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。柯南、小蘭、灰原以及少年偵探隊的成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上了「繭」。
另一方面，「繭」的研發者兼負責人─堅村，竟然在發表會會場遭到殺害。而在這起殺人事件發生的同時，一個自稱「諾亞方舟」的人工智慧闖入「繭」的電腦系統，並切斷身處虛擬世界的５０名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有的招待者宣佈：「在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有一個人能夠存活到最後就算你們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。」開始了一場失控的遊…。
少數知道柯南身份，同時也是工藤新一的父親，世界名推理作家─工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修「繭」遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南一行人，他只能在控制室看著他們的表現。柯南一行人必須在「繭」所設定重現的１９世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰一連串的考驗。
一場結合虛擬實境與現實，用５０條生命為賭注的遊戲即將開始！
第七彈 迷宮的十字路
迷宮の十字路
主題曲：Time after time~ 花舞う街で~
演唱者：倉木麻衣
監 督：こだま兼嗣
編 劇：古内一成
音 樂：大野克夫
公開日：2003/4/19
劇 情：
在東京某個位於西國立市的神社內，有三名可疑的男子正在密談。突然有個戴著假面具的黑影男人出現，用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害；與此事件同時，大阪、京都也相繼發生了殺人事件。警方在經過調查後發現，被殺害的五人都是出沒於東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術品的竊盜集團「源氏螢」的成員。
另一方面，小五郎帶著柯南、小蘭和園子來到了京都。八年前，位於京都的古老寺院——山能寺中的一尊國寶級佛像遭到偷竊，寺院的住持委託他們解讀一幅可以判斷佛像藏匿地點的謎樣的畫像，因而請來了小五郎幫忙。柯南懷疑佛像是遭到竊盜集團「源氏螢」所竊，事件開始向破解的方向進展。然而在他調查時，有個手持竹刀的男人突然來襲！
瞬間躲過襲擊的柯南，看到那名男子後感到十分驚奇。那個男子竟是與工藤新一並稱的西部高中生偵探——服部平次，同時也是少數知道柯南就是工藤新一的人物之一。他也是為了追尋在大阪發生的竊盜集團成員被殺事件的真相而到達京都，總是在較勁的柯南與平次，這次為了查出事件的真相，決定聯手進行調查！難解的事件、細膩的推理、友情、愛情以及主要角色全員到齊！
第八彈 銀翼的奇術師
銀翼の奇術師
主題曲：Dream X Dream
演唱者：愛內里菜
監 督：山本泰一朗
編 劇：古内一成
音 樂：大野克夫
公開日：2004/4/17
劇 情：
某天，毛利偵探事務所接到了知名舞台劇女演員牧樹里的委託。委託內容是牧樹里收到怪盜基德預告信，信中指出怪盜基德將在舞台上奪取牧樹里佩帶的藍寶石戒指－「命運的寶石」。
於是毛利小五郎接受保護寶石的工作，依據毛利小五郎的推理，基德將在演出的最後一天前來盜取這顆無價的寶石。在演出的最後一天，毛利小五郎、小蘭和柯南受邀觀賞舞台劇，在劇場裡錯綜複雜的人群中，基德到底會假扮成誰出現在大家面前？在緊張的埋伏等候中，出現在大家面前的竟然是工藤新一！？
柯南一方面必須保護寶石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因為拆穿基德就等於公開自己身體縮小的秘密。柯南只好盯緊假的工藤新一，一刻都不能鬆懈。就在舞台劇即將落幕之前，柯南發現假的工藤新一不見了，隨即追上，但卻在一片混亂之中還是讓基德逃脫了。
不過，「命運的寶石」終究是保護住了，牧樹里為了表示感謝，邀請毛利偵探前往北海道函館的別墅度假，同行的還有一同演出的其他演員。就在大家都搭上飛機前往函館的機艙裡，一幕精心設計的殺人劇碼就在大家面前實際上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解開發生在飛機上的密室殺人事件，到底柯南要怎麼行動？
第九彈 水平線上的陰謀
水平線上の陰謀
主題曲：夏を待つセイルのように
演唱者：ZARD
監 督：山本泰一朗
編 劇：古内一成
音 樂：大野克夫
公開日：2005/4/9
劇 情：
15年前，北大西洋的海上。一艘在深夜濃霧中航行的貨輪「第一八代丸」，由於未能及時發現前方的巨大冰山，在猛烈的撞擊後引擎室受到重創，整艘船也在不久之後沉沒，雖然大多數的船員都順利獲救，但船長與一名船員還是不幸罹難。
時間來到了現代，東京西多摩市的別墅勝地。「八代造船」是大財閥八代集團的成員之一。該公司的設計師八代英人在駕車時突然心臟病發作，連人帶車衝向山谷，車子在墜落山谷後隨即起火燃燒，八代英人也在這起意外中喪生。
跨越15年時空，這兩起分別發生於海上與陸地的意外，沒想到居然會是一樁即將展開之陰謀的序幕。
豪華客輪「愛芙羅黛蒂號」正航行於太平洋上。柯南、小蘭、小五郎等一行人在園子的招待下，前往參加「愛芙羅黛蒂號」的處女航行。這次的受邀者都是政財界以及社交界的頂尖人物，而這艘美麗的尤物也不負眾人所望，演出了一場名符其實的華麗航海秀。
然而，這場華麗的航海秀卻突然蒙上了一層陰影。此時，混入船上的詭異人物趁機襲擊園子並加以監禁，雖然後來園子在柯南的推理下平安地被救出，但沒過多久卻又發生了殺人事件，被害者是八代客輪的社長八代貴江，她正是半個月前在西多摩市意外死亡的八代英人的妻子；而緊接著這起殺人事件之後，八代集團的會長八代延太郎（貴江的父親）竟也突然在船上失蹤。
目暮警部在獲報後，隨即率領調查人員搭乘直昇機前往愛芙羅黛蒂號。除了負責管轄的海上保安廳展開積極的偵查外，陸上的警視廳也決定要重新調查日前在西多摩市發生的意外。
在海陸兩路接連佈下搜索網的同時，柯南也利用船上的線索展開他的獨立推理，此刻在船上的600名船員與乘客個個都有嫌疑，而犯人也設下了時間陷阱等待著眾人上鉤。這時候的小五郎當然也不甘示弱，他做出了與警方、柯南完全不同的推理，他這次究竟是跟以往一樣胡亂猜測？抑或是根據身為偵探的第六感而認真做出的推理呢？
在警方、柯南、小五郎調查的背後，犯人設下的巨大陰謀正式展開！這場處女航行的重頭戲—歡迎酒會就在這種人心惶惶的氣氛中開始，而小五郎與柯南也在會場中展開了一場推理大賽。原本以為還差一步就能找到事件的真相，沒想到此時船內的引擎室卻突然發生大爆炸，原來犯人在愛芙羅黛蒂號的主要設備上裝置了炸彈。爆炸後搖晃不停的船身讓船員與乘客陷入一片恐慌，船上600條人命已完全掌握在犯人的魔掌之中。
在無路可逃的海上發生的這場大混亂，也使小蘭面臨了生命危險。犯人的目的究竟是什麼？柯南與小五郎是否能粉碎犯人的陰謀，順利救出小蘭呢？而柯南（新一）與小蘭這段跨越時空的感情牽絆，正是解開這一連串事件的最大關鍵！
第十彈 偵探們的鎮魂歌
探偵たちの鎮魂歌
主題曲：ゆるぎないものひとつ
演唱者：B’z
監 督：山本泰一朗
劇 情：
請參照：〔名偵探柯南十週年大作：偵探們的鎮魂歌〕此篇！在此不再贅述囉！
